Die Erde im Jahr 2065. Der einst blaue Planet ist verwüstet. Nur noch wenige Lebensformen können hier existieren. Eine Invasion feindlicher Aliens droht auch den letzten Rest der Menschheit und jegliches weitere Leben auf der Erde auszulöschen. Die Wissenschaftlerin Aki Ross und ihr Mentor Dr.Sid scheinen die einzigen Menchen zu sein, die dies noch verhindern können. Doch mit ihren gewagten Theorien stoßen sie bei der übrigen Bevölkerung auf Unverständnis.
