Fünf Jahre steht Agent Jay nun schon im Dienste der Men in Black, fünf Jahre in denen er eine Menge Erfahrung im Umgang mit außerirdischen Gesetzesübertretern sammeln konnte. Doch die bildhübsche Serleena, die den weiten Weg zur Erde machte, um sich hier das Licht von Zartha zu krallen und dadurch die Herrschaft über das Universum zu erlangen, bekommt Jay alleine nicht in den Griff. Um Serleena aufzuhalten ist er dazu gezwungen, seinen ehemaligen Partner Kay aus dessen wohlverdienten Ruhezustand zurückzuholen.