Nach einem Überraschungsangriff auf die Organisation der Superspione, bei dem eine gefährliche Waffe, der sogenannte "Transmooker", gestohlen wird, liegt es an den Spy Kids Carmen und Juni diesen wiederzubeschaffen, bevor der neue Besitzer damit irgendwelchen Unfug anstellt. Diesmal haben es die beiden jedoch auch mit Gegnern aus den eigenen Reihen zu tun, einem zweiten Spy Kids Team, bestehend aus dem Geschwisterpaar Gary und Gerti Giggles, das sich innerhalb der letzten Zeit zu Carmens und Junis größten Konkurrenten mauserte.