Unter der Regie von Matthew Vaughn (Kick-Ass) wird das Prequel zur beliebten X-Men-Reihe erzählt. Im Mittelpunkt stehen die beiden jungen Männer Erik Lensherr (Michael Fassbender) und Charles Xavier (James McAvoy), welche später als Magneto und Professor X bekannt werden. Die beiden engsten Freunde entdecken zum ersten Mal ihre außergewöhnlichen Kräfte und kämpfen fortan mit anderen Mutanten gegen die größte Bedrohung der Erde. Dabei tut sich nach und nach eine Kluft zwischen ihnen auf, die schließlich zum ewigen Krieg zwischen der Bruderschaft Magnetos und Professor X's "X-Men" führt.