Wir schreiben das Jahr 1914: Milo Thatch, der Enkel des großen Thaddeus Thatch, vegetiert im Heizraum des Museums vor sich hin. Er ist davon überzeugt, mit Hilfe des mysteriösen Shephards Journals, Atlantis zu finden, doch seine Vorgesetzten belächeln ihn und weisen ihm die Tür. In dem reichen Preston B. Whitmore, ein Freund von Milo's Großvater, findet der ehrgeizige Abenteurer endlich einen Gönner, der ihm das Shephards Journal aushändigt und ihm eine fähige Crew zur Verfügung stellt. Die Suche nach der versunkenen Stadt kann beginnen.